21世纪初，人类将多数人留在被(bèi )哥斯拉蹂躏的(👃)地球(qiú )上，仅使(⛳)被选(xuǎn )中的人们乘上恒星(xīng )间(jiān )移民(🧣)船·(⚾)阿(ā )(🕯)拉(🌮)特拉姆，前往(💝)能够移居的“约定(💍)之地·τ星e”。但(dàn )这一计划失败(bài )，人(rén )(💅)类只得再(📟)度返回(😝)地球。而长距离亚空间航(háng )行(🤥)所(suǒ )引(📛)发的时空歪(wāi )曲，导(dǎo )致人(rén )类回(huí )到的地(🏴)方变成了(🌂)“两万年(🐖)后的地球(qiú )”。在(zài )这个(gè )地球，主(zhǔ )人公·晴(qíng )男(👗)等(děng )人(rén )在(zài )(🚻)遭(🍺)受哥斯拉袭击的同时，与(yǔ )埃克西弗、比(bǐ )尔(ěr )沙尔德(dé )两种族的(de )异(yì )(🧥)星人共同实行谋划了20年的“对(💛)哥(gē )斯拉战(zhàn )术”，通(🈸)过殊死战斗成(🎞)功击倒了哥(👆)斯拉。
　　但(dàn )喜悦并未持(chí )续多久，深藏地下的真正(🚰)哥斯拉“哥斯(🈶)拉(lā )·地(dì )球(qiú )”现身了。两万(wàn )年间持续(😓)成(chéng )长生存、身高(gāo )300米(mǐ )、(🍄)质量超过10万吨(dūn )(♉)，在进化(❔)成这种姿态(tài )的(🧗)超巨大哥(🛰)斯(⏸)拉压倒性的破坏力(lì )面前(🥖)，晴(qíng )男等人落花流水(shuǐ )(🤼)。
　　(🥖)拯救了晴(qíng )男的是被(💺)视为人(rén )类(👪)的残存者(🔛)“弗图亚(🙃)”之民，米(🎯)亚娜(📘)。弗图(⏮)亚(yà )是他们(🛹)在(🥪)这(zhè )个地球(qiú )(🧀)首次遇到(dào )的人型生命种族。他(❤)们会是人类(🎷)的子孙(sūn )吗——。“弗图(👥)亚的神(♟)也(yě )被(🧦)哥斯拉击破，如今只剩下卵。挑(💝)战(😢)者(zhě )、抗(kàng )争(zhēng )者(zhě )，全部被火焰吞噬而消失了”面(🔥)对(duì )这样的(✏)他们，晴男回(🌭)应(🍙)道“这是以人类的双手(㊙)夺(🤯)回地(dì )球的(👲)最(zuì )后机会了”。
　　另一(♿)方面，比尔(ěr )沙(🚪)尔德的指(🆖)挥官·加(🛀)尔格，注意到弗(fú )图(🈳)亚(🧥)使用(yòng )的箭头是(🌯)由“自律思考金(jīn )(🏢)属体·纳米金属”所制造(zào )而(✒)欢喜。这(📄)和21世纪他们在富士(🏝)山(shān )麓作(zuò )为“对哥斯拉决战(zhàn )兵器”所开发、在(🍆)启动前(qián )遭到破坏的“机械哥斯拉(lā )”由同种物质所构成(chéng )。这正(💘)是当时(🍑)的(💑)开发设备至今仍然残(🏅)存(cún )的证明——(🤕)。